Так и не понял, где это настроить, программа развивается, а ее настройка становится все более неочевидна..  
 
Догадываюсь, что в предложенном варианте ape будет декодирован в wav, который без труда вопсроизведет PS3. 
В этом случае можно будет слушать только весь диск целиком, от начала и до конца, ни о какой навигации по трекам речи не идет 
Но я говорил о поддержке ape + cue 
 
Cue - индексный текстовый файл, который показывет программе-плееру, где начинается один трек и заказнчивается другой. В приведенных мной ранее ссылках все очень подробно расписано и разжевано  

 От транскодера требуется, чтобы он "попилил" этот большой wav на отдельные треки.
Пример cue-файла
REM GENRE Synthpop
REM DATE 1984
REM DISCID 770A360A
REM COMMENT "ExactAudioCopy v0.99pb4"
PERFORMER "Alphaville"
TITLE "Forever Young"
FILE "Alphaville - Forever Young.ape" WAVE
  TRACK 01 AUDIO
    TITLE "Victory Of Love"
    PERFORMER "Alphaville"
    INDEX 01 00:00:00
  TRACK 02 AUDIO
    TITLE "Summer In Berlin"
    PERFORMER "Alphaville"
    INDEX 00 04:14:72
    INDEX 01 04:17:00
  TRACK 03 AUDIO
    TITLE "Big In Japan"
    PERFORMER "Alphaville"
    INDEX 01 09:02:45
  TRACK 04 AUDIO
    TITLE "To Germany With Love"
    PERFORMER "Alphaville"
    INDEX 00 13:46:32
    INDEX 01 13:47:17