Пока прописал в групповых политиках (GPEDIT.MSC) сценарий по выходу: taskkill /F /IM hms.exe /T
самое забавное, обязательно с ключом /F (force) - иначе даже taskkill не убивает, вот как прочно сидит HMS

два варианта вижу:
1. поправить автору корректную выгрузку при команде shutdown
2. добавить к hms.exe параметр, типа /exit, чтоб был аналогом контекстной команды из трея "Выгрузить программу", чтоб прописать в групповых политиках...